χλωρίδα και βλάστηση
Η παρουσία του ανθρώπου από την αρχαιότητα διαμόρφωσε τη σημερινή βλάστηση, που αποτελείται κυρίως από φρύγανα και αραιούς θαμνώνες, που εναλλάσσονται με παραδοσιακές καλλιέργειες. Αν και δεν είναι εντυπωσιακός, ο τύπος αυτός της βλάστησης έχει μεγάλη σημασία από βιολογική άποψη, καθώς παρουσιάζει υψηλή βιοποικιλότητα. Συνολικά, έχουν καταγραφεί 185 φυτικά είδη στο νησί, από τα οποία 32 θεωρούνται ιδιαίτερα σημαντικά, καθώς είναι ενδημικά, σπάνια ή ακόμη και απειλούμενα. Οι αριθμοί αυτοί υποτιμούν την πραγματικότητα, καθώς στην περιοχή δεν έχει γίνει επισταμένη χλωριδική έρευνα.
Κοντά στις ακτές, σε βράχους πάνω από τη θάλασσα και στις εκτεθειμένες στον άνεμο πλαγιές επικρατούν τα “παράκτια” φρύγανα με κύριους εκπρόσωπους τον αλίφονα (Centaurea spinosa) και το σταμναγκάθι (Cichorium spinosum). Προς το εσωτερικό κυρίαρχα είδη είναι η λαδανιά (Cistus), το ρείκι (Erica manipuliflora), η λεβάντα (Lavandula stoechas) και σπανιότερα η αστοιβή (Sarcopoterium spinosum). Ανάμεσα στα φρύγανα απαντούν αραιοί ή πυκνότεροι ασυνεχείς θαμνώνες (“γκαρίγκ”) με φίδες (Juniperus phoenicea) και σχίνα (Pistacia lentiscus). Πυκνότεροι θαμνώνες (“μακί”) βρίσκονται κυρίως σε ρεματιές με κυρίαρχα είδη πάλι τη φίδα, τα σχίνα και την αγριελιά (Olea europaea). Η φυσική βλάστηση αρχίζει πλέον να εισβάλλει και στις εγκαταλελειμμένες πεζούλες.
Στην Πολύαιγο μοναδική ανθρώπινη παρέμβαση είναι η ελεύθερη κτηνοτροφία, που και αυτή είναι σχετικά χαμηλή σε ένταση. Για τον λόγο αυτό η βλάστηση χαρακτηρίζεται από την παρουσία πυκνότερων θαμνώνων, ιδίως στα πολυάριθμα ρέματα που κατεβαίνουν από τα βουνά προς τις ακτές, με φίδες, σχίνα αγριελιές και σπανιότερα κουμαριές (Arbutus unedo) και φυλίκια (Phillyrea media).
Στις πλαγιές των βουνών οι θαμνώνες εναλλάσσονται με πετρώδεις περιοχές με αραιή βλάστηση ή με γυμνούς βραχώδεις όγκους. Το έντονο ανάγλυφο με τις πολυάριθμες μικρές κοιλάδες και ρεματιές δημιουργεί ποικιλία βιοτόπων, που ευνοούν την ύπαρξη αντίστοιχης ποικιλίας ειδών. Τα πιο φτωχά εδάφη καλύπτονται από φρύγανα με κυρίαρχα είδη το ρείκι, τη λαδανιά, τον αλίφονα, την καλοκοιμηθιά (Helichrysum italicum) κ.α.
Οι ακτές και στα δύο νησιά είναι ως επί το πλείστον βραχώδεις, με χαρακτηριστικά είδη τα αμάραντα (Limonium) και την αλιμιά (Atriplex halimus). Ποικιλία φυτικών ειδών απαντάται στους μικρούς υγρότοπους και στις αμμώδεις παραλίες, που σχηματίζονται στις εκβολές των ρεμάτων.
Τα δύο νησιά διαθέτουν εξάλλου μεγάλη ποικιλία αρωματικών φυτών που χρησιμοποιούνται ευρέως στην τοπική κουζίνα, όπως η κάππαρη, ο αμάραθος, το θυμάρι, το θρούμπι, το δενδρολίβανο και πολλά άλλα. Το φθινόπωρο και το χειμώνα, οι νοικοκυρές μαζεύουν μόνες τους μανιτάρια και άγρια χόρτα, που αποτελούν συμπλήρωμα σε πολλά παραδοσιακά κιμωλιάτικα εδέσματα. Τέλος, αρκετά είδη είναι γνωστά για τις φαρμακευτικές τους ιδιότητες και χρησιμοποιούνται ως γιατροσόφια, ακόμη και σήμερα.